Из стандарта 
Окрас: белый, чёрный, чёрно-подпалый с правильным рисунком подпалин, серый, рыжий, палевый, тигровый, пятнистый, пегий, трёхцветный. Дисквалифицирующие пороки: чепрачный при любых подпалинах, коричневый и пепельно-серый (при серой мочке носа, веках, губах и светлых глазах); мраморный при любом основном фоне.

Исходя из требований стандарта среднеазиатской овчарки, основной набор локусов и аллелей, ответственных за их формирование, можно представить себе следующим образом.

Основные аллели окраса
a^w – обычный аллель для зонарно-серых и серо-тигровых собак. 
a^у – присутствует у всех рыжих и рыже-тигровых собак.
a^t – обусловливает чёрно-подпалый окрас. 
В – обусловливает синтез черного эумеланина; присутствует у собак всех окрасов.
b – обусловливает синтез коричневого эумеланина; среди собак стандартных окрасов породы отсутствует, однако может обусловливать палевый окрас.
С – обусловливает развитие окраса полной интенсивности, присутствует у собак всех окрасов. 
c^ch – может присутствовать у сильно осветлённых зонарно-серых, рыжих, серо-тигровых, а также белых собак. 
c – может присутствовать у некоторых белых и сильно осветлённых рыжих собак.  
D – присутствует у всех собак с окрасом нормальной интенсивности.
d – обусловливает развитие ослаблённых окрасов, которые в породе представляют дисквалифицирующий брак.
E^m – обусловливает развитие тёмной маски. 
E – обусловливает распространение эумеланина по всему корпусу собаки. 
е – обусловливает формирование одного из типов рыжего окраса. 
G – обусловливает развитие возрастного осветления окраса; в породе отсутствует.
g – присутствует у всех представителей породы.
K – обусловливает развитие сплошного эумеланинового окраса.
k^br – обусловливает развитие тигрового окраса.
k – позволяет развитие зонарных и подпалых окрасов.
M  –  обусловливает развитие мраморного окраса; в породе отсутствует. 
m  – присутствует у всех представителей породы. 
S – обусловливает окрас без белых пятен; наличие этого аллеля в породе вызывает сомнение, поскольку большинство САО, независимо от окрасов, имеют хотя бы самые маленькие белые отметины.
s – обусловливает белую пятнистость; очевидно присутствует в генотипах всех представителей породы.
s^w – обусловливает крайнюю степень пятнистости; присутствует у некоторых собак белого окраса.
T – обусловливает наличие крапа, отмечается у ряда пятнистых собак, на фоне сплошного окраса не проявляется. 
t  –  отсутствие крапа.

Чёрный окрас
Чёрный окрас у САО распространён достаточно широко. Обычно он сочетается с различными вариантами белой пятнистости. Чаще всего встречается чёрный окрас, обусловленный наличием доминантного аллеля K.

Однако в ряде случаев визуально чёрными могут выглядеть и собаки сильно модифицированного подпалого окраса. Иногда отмечаются чёрные собаки с бурым или красноватым налётом, особенно заметным на плечах и лопатках. Микроскопический анализ шерсти таких собак показал наличие отчётливо выраженной кольцевой зонарности в волосе, с очень большими эумеланиновыми зонами. Это сильно затемнённые собаки зонарного окраса.

Генетические формулы чёрного окраса САО
a^wa^w(a^уa^у, a^ta^t)B-E-(E^m)K- — сплошной глянцево-чёрный окрас. 
a^wa^w(a^wa^t) B-E-(E^m)kk — сильно затемнённый зонарный окрас.
a^ta^tB-E-(E^m)kk — модифицированный подпалый.

Белый окрас
Белый окрас САО может быть представлен следующими типами:
Носители аллелей s^ws^w, представляющие собой крайнюю степень пятнистости. Часто остаточные тёмные пятна у САО оказываются на концах ушей, которые купируют в щенячьем возрасте, и собаки выглядят совершенно белыми. Как показывают результаты скрещиваний, белые САО могут быть скрытыми носителями любых окрасов.
Сильно осветлённые рыжие собаки. Осветление может возникать за счёт целого ряда факторов, действующих как непосредственно на феомеланин, (например, аллели шиншилловости c^chc^ch), так и на глубину залегания пигментов в волосе, толщину и степень прозрачности коркового слоя волоса, структуру волоса и т. д.

Генетические формулы белого окраса 
a^wa^w(a^уa^у,a^ta^t)B-C-E-(E^m)K-(kk)s^ws^w
a^wa^w(a^уa^у,a^ta^t)B-c^chc^cheeK-(kk)ss

Зонарно-серый окрас
Данный окрас у САО варьирует довольно широко. В большой степени это зависит от специфических генов-модификаторов. Относительная ширина кольцевых зон волоса может быть разной, что определяет степень затемнённости окраса. Цвет отдельных волос при зонарно-сером окрасе может заметно варьировать: от практически чёрного до светло-серого. Рыжеватые оттенки зонарно-серого окраса зависят от целого ряда факторов, например, типа и интенсивности феомеланина и ширины феомеланиновых зон волоса. Расширение феомеланиновых зон отмечается у гетерозигот a^wa^у. Аллели шиншилловости c^chc^ch превращают зонарно-серый окрас в окрас «перец с солью» или зонарно-голубой. Могут они оказывать и общее осветляющее воздействие.

При зонарном окрасе цвет отдельных волосков зависит от их длины, толщины и месторасположения на корпусе. Как правило, короткая шерсть на лапах и морде окрашена светлее, более светлый окрас имеет и шерсть на груди, штанах и т. д. Эти отметины образуют специфический «дикий» рисунок на корпусе и голове собаки. Весьма широко распространена и тёмная маска, инициированная аллелем Е^m.

Генетические формулы зонарно-серого окраса
a^wa^w(a^wa^у)B-C-Е^m-(Е-)kkss — зонарно-серый окрас.
a^wa^w(a^wa^у)B-c^chc^chЕ^m-(Е-)kkss — зонарно-голубой.

Рыжий окрас
У среднеазиатских овчарок можно видеть разные типы рыжих окрасов, которые сильно варьируют по оттенкам и интенсивности, зависящим от множества осветляющих факторов, действующих на феомеланин, его расположение в волосе, толщину и прозрачность коркового слоя волоса и т. д.

У САО присутствуют оба главных аллеля, ответственных за развитие рыжего окраса, – a^у и е. 

Основным рыжим окрасом у них является соболиный, генотипа a^уa^у. Большая часть собак этого окраса имеет тёмную маску различной протяжённости, обусловленную действием аллеля Е^m, а также специфический «дикий» рисунок на корпусе. 

Важно отметить, что наличие данного аллеля часто маскируется белой пятнистостью, которая иногда практически полностью уничтожает маску.

В целом среди рыжих окрасов САО преобладают светлые и чистые тона. 

Среди сильно затенённых собак соболиного окраса могут попадаться гетерозиготы a^wa^у или a^уa^t. Как собаки соболиного окраса могут быть ошибочно определены и собаки с неярко выраженной тигровостью — носители аллелей k^br-.

Осветлённый рыжий окрас
Среди рыжей гаммы окрасов САО солидную долю составляют осветлённые окрасы — кремовые и палевые различных оттенков.

Они обусловлены действием разнообразных аллелей, оказывающих осветляющее воздействие на феомеланин, а также взаимодействием аллелей a^уa^у и ее c c^chc^ch.

Взаимодействие аллелей a^wa^w и ее приводит к образованию зонарно-рыжего окраса, при котором рыжие зоны волоса чередуются с более светлыми. Подобный окрас может трактоваться и как светло-соболиный, и как рыжий, и как палевый. Ещё более светлый окрас получается в результате взаимодействия генов a^уa^у и ее, оно приводит к осветлению концов волос. При этом чем длиннее были эти концы, тем светлее оказывается окрас генотипа a^уa^уее. Однако необходимо отметить, что при скрещивании между собой разных по фенотипу рыжих собак в подавляющем большинстве получаются только рыжие щенки. На этом основании можно сделать вывод, что аллель е у САО имеет значительно меньшую частоту распространения.

Cочетание этих генов c c^chc^ch может приводить к очень сильному осветлению, вплоть до практически белого окраса. Данный тип окраса имеет часть белых САО.

Сильно осветлённый палевый окрас могут иметь и подлежащие дисквалификации носители аллелей bb, а также аллелей dd. 

Генетические формулы рыжих окрасов
a^уa^у(a^wa^у, a^уa^t)B-C-E-(Е^m)kk — рыжий окрас.
a^wa^w(a^уa^у, a^ta^tt)B-С-eeK-(kk) — рыжий окрас.
a^уa^у(a^wa^у, a^уa^t)B-c^chc^chE-(Е^m)kk — осветлённый рыжий.
a^wa^w(a^уa^у, a^ta^t)B-c^chc^cheeK-(kk) — осветлённый рыжий.

Тигровый окрас
Тигровый окрас у САО также весьма разнообразен. В этой цветовой гамме встречаются как светлые его вариации в виде тонких чёрных полос на сером или жёлтом фоне, так и совсем тёмные в виде отдельных пестрин на практически чёрном фоне. В сочетании с белой пятнистостью собаки последнего типа могут быть легко описаны как чёрно-пегие.

Ширина и частота расположения полос в большой степени зависит от действия генов-модификаторов. Цвет, оттенки и интенсивность фона тигрового окраса зависят от тех же факторов, что и основные цвета фона. Возможна и зависимость тигрового окраса от гомо- или гетерозиготности аллелей данного локуса — k^brk^br или k^brk.

Генетические формулы тигровых окрасов
a^уa^у(a^уa^t)B-C-E-(Е^m)k^br- — рыже-тигровый окрас.
a^wa^w-С-Е-(Е^m)k^br- — серо-тигровый окрас.
a^ta^tB-C-E-(Е^m)k^br- — тигрово-подпалый или чёрно-тигровый окрас.

Чёрно-подпалый окрас
Чёрно-подпалый окрас САО по внешнему виду напоминает классический подпал добермана. Специалисты по породе утверждают, что этот окрас является одним из самых древних и непосредственно указывает на происхождение САО от мастифов, обитавших в древнем Тибете. У собак этого окраса весьма отчётливо выражены рыжие точки над глазами, поэтому на родине породы их называют «четырёхглазыми». Таких собак особо почитали в древние времена. 

Чёрно-подпалый окрас САО обусловлен наличием пары рецессивных аллелей a^ta^t. В некоторых случаях подпал может быть не рыжим, а практически белым – подласым, что служит доказательством наличия аллелей c^chc^ch.

Генетические формулы чёрно-подпалых САО
a^ta^tB-C-E-(Е^m)kk – чёрно-подпалый окрас. 
a^ta^tB-c^chc^chE-(Е^m)kk – подласый окрас.

Белая пятнистость
Белая пятнистость у среднеазиатских овчарок представлена достаточно широко. Это могут быть как собаки практически сплошного тёмного окраса, так и практически белые. Можно отметить и все промежуточные типы пегости и пятнистости. Судя по всему, носителями гомозиготной пары ss являются все САО. Наличие в генофонде породы аллеля s требует особого доказательства. Большой интерес представляет собой наличие крапа и тиковой испещрённости. 

У пятнистых собак развитие тиковой испещрённости, обусловленной доминантным аллелем Т, в онтогенезе идёт в соответствии с общими закономерностями формирования данного признака. У щенков крап отсутствует и становится всё гуще и гуще по мере формирования взрослого шёрстного покрова. 

Маска
Доминантный аллель маски Е^m, вероятно, присутствует у большинства собак. Носителями данного аллеля могут быть пегие и пятнистые собаки, у которых на месте рисунка маски появляется белое пятно.

Тёмная маска у САО может сочетаться и с обратной маской, присутствующей у ряда зонарно-серых или рыжих собак. 

Порочные окрасы 
Указанные в качестве дисквалифицирующих пороков окрасы САО занесены в породу путём метизации и по ряду причин являются для неё нежелательными. 

Чепрачный окрас классической протяжённости, как у немецкой овчарки или эрдельтерьера, при любом цвете подпалин. Этот окрас занесён в породу немецкой и восточноевропейской овчарками, широко распространёнными в пограничных и других войсках. Метизация этих пород в приграничных районах Средней Азии была обычным явлением.
Коричневый окрас (bb) при коричневой мочке носа, губах и обводках век может свидетельствовать о примеси крови ньюфаунленда или московского водолаза. Этот окрас издавна признан порочным для большинства собак рабочих пород, за небольшим исключением. У САО коричневый окрас признан дисквалифицирующим пороком, поэтому аллель b в генофонде породы отсутствует или имеет крайне низкую частоту распространения. Все собаки являются носителями аллеля B.

Пепельно-серый (голубой окрас) при серых (асфальтовых) мочке носа, губах, веках и при светлых глазах. Аллель d, обусловливающий этот окрас, мог попасть в генофонд породы путем метизации с догами и некоторыми другими молоссами. У САО он считается дисквалифицирующим пороком. Таким образом, все собаки стандартных окрасов являются носителями аллеля D. Собаки ослабленного окраса — гомозиготы dd — встречаются крайне редко. 

Наличие аллелей b и d в породе может поддерживаться за счёт осветлённых палевых собак, которые могут иметь генотип bbее или любой «рыжий» генотип, включающий аллели dd. Поэтому при отборе производителей из числа сильно осветлённых рыжих собак необходимо обращать большое внимание на цвет мочки носа, губ, век, а также цвет глаз собак. У носителей данных аллелей глаза также могут быть заметно осветлёнными.

Мраморный окрас, инициированный аллелями Mm, совершенно не типичен для породы. Фактор Мерля мог попасть в её генофонд путём метизации с догами или колли.

Источник: http://zooinform.ru/